上古世界，人妖共存，三界之中开有一间医馆，只医妖不救人。传闻医馆两人一兽，掌柜医师红 娘风情万种，助手叁池娘炮一枚，杂役多肉（蛤蟆精）人面妖身。 原本风平浪静的妖医馆，却因为一位不速之客书生金志坚的到

昆仑之虚，掩于山海之中，滋养了无数生灵。这里的昆仑医馆医术精湛，但却有一种病千百年来无药可医——黑灵。医师白泽致力对抗黑灵，却自以为是毁了整个大岛，被逐出医馆。七年后，白泽的医术突飞猛进却受人白眼无法行医，想借医馆选举一雪前耻，却在阴差阳错之下，与自卑的麒麟男孩羿一起踏上了荒芜的大岛，进行一场救赎之旅。黑灵爆发危机在即，他们能否解开黑灵背后的秘密，拯救万物天地，又是否能点亮昆仑众生心中的那束光？

独孤诚私藏唐婉，对唐婉一往情深。陈国二皇子与柳婧在宫中密谈，不料此时宇文邕以关切柳婧为名驾到。不想宇文邕是怕柳婧离开周国。柳婧也坦言确实想过离开周国。但是是为了治好宇文邕的病，宇文邕感动，第一次真正的夜宿漪澜宫，柳婧与宇文邕二人的感情也迅速升温，更加深爱对方。第二天陈国两位皇子离开，柳婧为两位皇子送行，并让二位哥哥给自己的父亲母亲带去问候。独孤诚请来蓝东为唐婉医治。柳婧恰巧来找蓝东，遇到独孤诚。孤独诚加紧了对唐婉的控制，并且霸道的将玉镯送给了唐婉，告诉唐婉，如果她敢摘下镯子就剁了她的手。

该剧讲述了大明京城里一群看似的医馆伙计、阴差阳错和来自东厂西厂的杀手一起，组成了一支神奇的探案小分队。他们齐心协力破获了一件件迷案的故事的搞笑故事。

武林高手上官星宇追赶黑衣人途中遭遇一场命案，死者死相怪异，引起了他的好奇心。没想到这只是一连串凶杀案的开始，紧接着出现了密室杀人、医馆惨案，几桩案件的线索都指向了“蝴蝶作案”，大理寺众人深陷谜案之中，

秦芝艾出身名医世家，父母突逢变故意外离世后无奈接手医馆艾真堂。秦芝艾夜晚采药路过乱葬岗，发现昏迷男子孟宗竹，施针治疗却导致其口吐白沫，气息全无。于心有愧的秦芝艾将孟宗竹带回家，不料孟宗竹诈尸而起，并称是不死傀，收走了秦芝艾的魂魄，让秦芝艾成为他的仆人。秦芝艾调理好了戏曲名伶江溪之脸上毒痘，江溪之便为秦芝艾组织了粉丝见面会推销养生药妆，并将秦芝艾引荐给了丞相之女许灵灵。许灵灵为了救父亲胁迫秦芝艾交出祖传药方，在相府秦芝艾发现了父母遇害竟是因为皇上在寻找长生不老的丹药，在孟宗竹的帮助下，查找真凶的同时意外发现

九龄公主生性善良，喜好医术，一场阴谋使得她失去至亲，骨肉分离，容貌大变。为了解开事情真相，揪出幕后真凶，隐姓埋名的九龄来到阳城方家，休生养息，苦练技艺，磨炼自我，集结力量，从微小的细节查起，最终探查到阴谋的背后藏着昔日皇家血脉被屠戮的真相。知晓真相后的九龄凭着坚韧不拔的品质，回到京城，在凶手不断的骚扰和攻击中建立了医馆九龄堂，济世救人，受人尊崇，一步步走上高位，历尽重重艰险，最终让真相大白于天下。

江南名医叶家灭门被害，独子叶向跳崖，被祥云县女医师依华所救。失去记忆且分离出第二人格的叶向被依华收留作药童，化名云归。云归转换于两种反差人格之间，虽惹出诸多纷争但幸得众人帮忙化解，同时也和依华在相处中互生情愫。然而未来等待他们的是却是更大的困难，二人又该何去何从……

南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生存了下来，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了当时普遍的脚气病，由此决意制作并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出现在仁面前请求帮助。仁随龙马来到京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从苏醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。此后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促成萨长同盟。　　亲历着幕末日本局势的陡然巨变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的认识