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20世纪末，世界各地的天才少年组成了一个名为炼金之星的组织，其成员之一的高山我梦，作为XIG的一员，靠大地给予的红光变身成盖亚·奥特曼后，投入了同CRISIS计算机所预测到的根源性灭亡招来体进行的誓死决战中。另一方面，已脱离炼金之星的藤宫博也坚定地认为，对于地球而言，人类才是真正的癌细胞。他凭着蓝光的威力，变身成与盖亚相对立的蓝色奥特曼阿古茹·奥特曼。

这次的舞台是在一个不健康的男性身体里，该身体的主人有暴饮暴食、饮酒吸烟、运动不足、精神压力巨大等多种不良因素，描绘了细胞们在这样恶劣的环境下工作的故事。