庭院里樱花花瓣散落一地，就着月色，格外漂亮。半夜醒来的神乐，坐在正对庭院的走廊下，“晚上的庭院，仿佛随时都会发生什么似的呢……”突然一只蝴蝶从神乐眼前飞过，带着闪亮亮的鳞粉。蝴蝶精：是的哟。晚上，的确很适合讲故事呢。神乐在鳞粉的作用下，开始困倦蝴蝶精：神乐大人睡着之后——就是梦中故事的开始啦！

边见瑞纪的爷爷拥有一家古书店并且将它出租给了学者砚周。一日，瑞记偶然打开了一本名叫《蜘蛛怪异闻》的古书，没想到，一只娇小可爱的蜘蛛娘从中掉了出来。蜘蛛娘告诉瑞纪自己曾被一个阴阳师所救抚养长大，后又被封印在书中，而砚周就是那位阴阳师的转世。砚周很同情蜘蛛娘的遭遇，收留了她。但一名古籍师告诉砚周，蜘蛛娘是非常危险的生物，只要接近她就会在不知不觉中被迷惑从而丧生。 不听劝告的砚周决定将蜘蛛娘送回到她的母亲所在的地方，那是一幢阴森的古宅，里面有一只巨大的蜘蛛正匍匐在黑暗中等待着它的猎物。

由古至现在，斗神士有三个流派。“天流”负责守护被关闭了的异空间“伏魔殿”，“地流”负责讨伐自伏魔殿漏出的妖怪，“神流”则于伏魔殿很深的地方暗中活动，用影子操纵天地。开始了对被留下了的天地的斗神士的攻击。但是根据约一千年前，地流突然袭击天流而令两个派决裂了。 到了现代，天流大体上丧失著作为流派的机能，天流斗神士们分散在各处。地流从新总帅彌加土的指挥下从衰退中复兴，开始对被分散各地的天流斗神士进行袭击。“阴阳大战”终于开始……