2000年9月13日，第二次冲击爆发。在南极大陆上发生的这起大灾难，造成地轴偏斜、海平面上升、全球气候改变，世界人口减半。2015年，不明巨型生物“使徒”在日本登陆，并向第3新东京市袭来。国联军与使徒的作战失败，作战指挥权移至NERV。碇真嗣被父亲NERV总司令碇源堂召唤而来，NERV作战部长葛城美里带其到地下都市NERV总部。最后半推半就地驾驶着泛用人型决战兵器EVANGELION初号机与使徒对抗......

本作的舞台是一座架空西欧都市，是一部充满了冒险及童话色彩的奇妙空想物语。主人公无（ナイ)是位失去记忆的少年，不但缺少常识，对自己也知之甚少，只残留下要寻找自己的腕轮之前的主人“嘉禄”的记忆。无在旅途中被叫Mine的女人绑架，后被花砾所救。得知了腕轮与组织“轮”之间的关系，两人踏上了旅途。在一连串的意外发生后，世界的面纱缓缓掉落……