本作改编自山形石雄所作、前嶋重机插画的奇幻小说「战斗司书」系列。故事围绕有着预测未来、时间静止等特殊能力的「武装司书」，与同样拥有特殊能力的「神溺教团」团员们的战斗为主轴展开。自远古时代开始，人死后的灵魂就会被“过去神”邦特拉封在“书”中，收藏在地下的邦特拉图书馆。神离开人类后，管理图书馆和挖掘“书”的工作落在了武装司书身上。也有不少罪犯会因个人目的搜集、私藏及滥用“书”，其中神溺教团为了他们的教义，无视别人的生命，夺取他人的“书”；武装司书任务就是不断与之展开对抗。

为了公序良俗等理由，政府制定了侵犯人权的“媒体净化法”，并成立了“媒体净化委员会”与“净化特务机关”来进行净化工作。与这个强权机关对抗的唯一组织，即为“图书馆”。一群热爱图书馆自由的人们，武装自己与净化机关进行战争，守护图书馆的自由。笠原郁在高中的某一天看到了想买的书，却遇上了净化委员会的成员，这时却出现了一名男人，使对方离开。西元2019年（正化31年），笠原郁加入了战争