故事的舞台是海岸边上的楢崎町，在这个小镇上有两种超常现象，其中之一是永恒存在的彩虹，还有一个就是被称为“Gift”的魔法，它可以实现这个镇上的原住民的一个愿望。有一天，曾经和主人公一起在小镇上生活过的义妹“莉子”又回来了。然后主人公和青梅竹马的“雾乃”之间的关系发生了诸多变化。这一游戏的推广使日本美少女游戏业得到了一定程度上的发展。

在童年时代便消灭了糖果屋女巫的孤儿兄妹韩赛尔与格蕾特，多年来成为邪恶女巫的最大克星。在帮助小镇奥古斯伯格寻找失踪的孩子以及隐藏女巫之时，兄妹二人发现三天后即将出现“血月”（月蚀），这对女巫们来说是无比重要和神圣的时刻。两兄妹迅速投入行动，而讨厌他们俩的警长也招来一伙人马追查女巫们的行踪。未过多久，女巫头目率领手下袭击小镇，与兄妹二人展开正面冲突。激战过后，格蕾特遭到重创，韩赛尔也随着女巫消失下落不明。正邪的较量渐次升级，兄妹俩在这一过程中也渐渐知晓关于他们童年以及父母背后的秘密……