该作品是以作者的童年（1974年）生活为蓝本的故事，其中一事一物均充满着70年代的怀旧气息。故事发生的舞台是日本静冈县清水市（从2005年起成为静冈县静冈市清水区），那是一个不折不扣的美丽港都，是个交通便利、渔产丰富、又与富士山为邻的好地方。故事围绕着小丸子以及其家人和同学展开，有关于亲情、友谊等，或是一些生活趣事，但当中有笑有泪，令人回想起童年的稚气。最特别的，当在故事人物尴尬时的招牌表情，会突然出现在脸上的黑线，有时还会伴随着一阵寒风从头后吹过。动画中幽默的旁白也是一大特色。

在名为斯沃罗夫的小岛上，热衷各种各样的科学发明的弗林德·洛克伍德，总是折腾出各种稀奇古怪东西，想法虽然很有创意，但通常都以失败和灾难告终。

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乐观机灵的小丸子自幼跟随父亲何一指在街头卖艺维生，靠一门绝活“胸口碎大石”行走江湖。如意楼的一场奇遇让大字不识的小丸子突然变身知书达礼的郡主，嫁进梅府与梅三少拜了堂，彻底改变了命运，奉旨成婚的九王爷之女陆英瑶却被土匪小宝爷误当成压寨夫人背回了青龙寨。抗拒这桩婚事的梅三少摆出一副拒人于千里之外的姿态，想让郡主知难而退，而不得不假扮郡主的小丸子也对这个高冷傲娇的梅家三少爷嫌弃不已。在斗智斗勇中，这对欢喜冤家渐生情愫。