“阿尔塔纳”能量，是存在于每颗星球上的生命源泉，它创造出了名叫虚的魔人，而虚是个多年间历经数次生死轮回，不老不死的怪物。并在数次重生之中，诞生出一个叫吉田松阳的人格，这位松阳老师就是曾经开办松下村塾，在银时、高杉、桂三人幼时教导过他们的老师。 地球灭亡危机迫在眉睫，银时、高杉、桂，这三位昔日的伙伴再次集结，各怀使命，只是他们要对抗的，是自己的恩师，吉田松阳的另一个人格——虚。为了支援银时等人，新八、神乐、真选组、整个歌舞伎町，甚至是曾经交战过的对手，大家纷纷加入了这场战斗，共同守护江户和地球。虚的力

曾经教导少年银时等人的师父吉田松阳，化作不同的人格，意图带着地球一起结束自己的生命。为了阻止他的野心，昔日盟友银时、高杉、桂决定带着心中的信念并肩作战。此外，万事屋的新八和神乐、新选组、歌舞伎町，甚至曾经的宿敌齐聚一堂，为银时等人应援，为保护自己该保护的东西而拼死一搏……

明治维新运动后十二年，日本迎来了新时代。曾经叱咤风云的刽子手绯村剑心如今已成为和平主义者，与朋友们一起在东京过着平静的生活。一天晚上，剑心最喜欢的餐厅遭到炮火袭击，只留下一张写着“人诛”的字条——有人准备替天行道，审判之日近在眼前。此人名为雪代缘，对剑心怀恨在心，带着一众手下前来复仇。目睹无数无辜之人被牵扯进这场残酷的斗争，剑心终将面临一场审判，并由此找到对过去的救赎。

SP的故事主要是讲述，塞布丽娜是一位长相拟宝珠柠檬的公主在访问日本期间，两津勘吉为此开始踏上了解决案件的道路。