这是一场被加尔德罗贝封印的战争。讲述风华王家之秘，和爱莉卡的母亲＝雷娜·塞亚斯的故事。　　憧憬着乙HiME的少女＝西弗尔。某一天，魔手袭击了在无依无靠的同时仍坚强生存着的她。谜之组织「希巴鲁兹」们拐走了西弗尔。在危急时刻，将她救出的是黑衣绅士＝布鲁斯，他的女仆(?)＝蕾娜，紫苑修女和她的乙HiME＝Meister拉凯尔，以及五柱·一之柱=艾利奥特。　　少女西弗尔之谜。　　拥有乙HiME力量却将其拒绝的蕾娜。　　加尔德罗贝之谜。　　五柱的背叛。　　现在，正是先代乙HiME觉醒之时。　　标题中的“S.if

孩童提米自幼丧母，困扰繁多：与继母矛盾连连，收养宠物斗牛犬被禁足。然而在第二天提米却认识一位“心灵相通”的朋友萨摩娜——从杂技场逃出的大猩猩。 但生性活泼的大猩猩萨摩娜却把家里搞得一团糟，提米只好把它送到头脑秀逗的越战老兵威拉德家中，不幸的是，杂技场老板与狩猎者为了骗取保险金要杀死萨摩娜，更糟糕的是，一老一小组成的拯救二人组落入魔手，关键时刻，猩猩发飙了!

宇宙世纪0071年。脱离SIDE 3，慕佐自治共和国后3年。吉翁‧兹姆‧戴肯的遗孤卡斯巴尔跟阿尔黛西亚兄妹，与金巴‧拉尔一起逃往地球，并寄住在提亚波罗‧玛斯家中，与爱德华、雪拉过着平稳的日子。而一直追踪他们的扎比家的魔手，悄悄地再次逼近…。此时，SIDE 3将国名更改为吉翁自治共和国。扎比家不但掌握实权，整个支配体制也日渐巩固，更开始着手开发对抗地球联邦军的最新兵器－机动工兵。

打倒了敌人“汞合金”的九龙、盖茨等强敌，恢复了以往和平日常的“阵代高中”。但，这样的日子并未延续多久……。持续失态的“汞合金”开始正式向相良宗介等人发动袭击。世界各地的“秘银”基地遭到强袭！泰莎率领的Tuatha de Danaan所容身的“美利达岛”也遭到大量导弹、强袭机兵的攻击。另一方面，魔手也正在逼近日本的宗介与要！！宗介、要、泰莎等人，再度面临试炼！！！