“这是航班HY688，我们遭遇劫机！劫匪要价35亿人民币！目前飞机处于失控状态，请求支援！！！”一架五星级超豪华A380客机在国际首航途中遭遇暴力劫机，整架飞机被杀意笼罩。机舱内，国际安保专家高皓军（

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闽江，是福建的重要经济动脉。1947年，闽江轮船公司“福州号”的司机林森官，是地下党员。他接受党的指示，以帮助船长运私货为掩护，与党员江财弟等船工进行地下活动，把武器、电台运往我游击队根据地，开辟了地下航线。敌人为了切断为游击队运送物资的水上动脉，派交通特派员王勋进行督察。王勋从游击队印发的传单内容中，估计我方从水路运出了电台，便派特务李伯光到“福州号”上来监视船工。一次，林森官将一批缴获的敌人武器装上“福州号”，被特务发现尾随。林森官机智地让江财弟把李伯光引上另一条船。李伯光发现上当，又上了“福州号”。

这一次，绝不打仗，就讲讲母港的故事——。这里是被冠以舰船之名的少女们所居住的，完全不同的世界。在各种组织们相互协助建造的学园之内，少女们愉快的共同生活即将开始！

致碧蓝航线以祝福——“碧蓝航线”的少女们，击溃了自外界入侵的神秘之敌“塞壬”的强烈攻势。然而，斗争世世代代都未曾改变。就如同人类曾经夺取海洋霸权一般，由于理念上的差异“碧蓝航线”与“赤色中轴”成为对立阵营。之後，时光流逝——