本片以上古神话人物神农为故事背景，以寻找神农宝盒为线，用科学的态度诠释神话传说，讲述了身为普通人的姜城子，突然有一天变成身兼拯救人类的重大历史使命的角色，面对着强大的邪恶反派木风尘及其异人部族，姜城子

康健生物药业公邓老决定委托公司安保部部长屠队组织探险小队前往神农架北部搜寻野人，欲将野人的原始优异的基因应用于造血干细胞再生技术，治疗自己的家族遗传血液病。探险家山河等7人受邀参加了本次的探险活动。众

故事讲述了上古神魔大战后，神王用炼妖炉、天晶剑、神农尺封印魔神破天，将其囚禁于炼狱枯井，将三神器分别传于墨月族、玄武族、和修仙院分别掌管，并交代三族之长神器不可共同出世，千年后，神王陨落，玄武一族不顾祖训，为了更强大的实力发动战争夺取神器，实力相对弱小的墨月族惨遭屠戮，族长不得不派墨月大将姜成前往神秘禁地聚灵神殿求援，修仙学院作为看守炼狱之井的神秘组织，为阻止神器聚合第一次公开示人，墨月族长担心玄武一族卷土重来，派姜成拜入修仙院，在同袍的捉弄中努力修行姜成得到了突飞猛进的成长，随着修仙院的掌门被害，一个天

隋唐时期，小男孩麦冬出生于亳州谯县（今谯城区，唐朝开始便有亳州之名），家中开了一个药铺。因全城突发瘟疫，麦冬向华佗神像祈祷，求得能治瘟疫的灵药，机缘巧合之下却结识了既是花神也是药灵的芍药仙子，并误食华佗祖师的神农仙方。为了弥补过错，麦冬和芍药仙子受命重制神农仙方，不过，这药方却寻之不易，因为方上一共18味中药，却不能拿寻常药材来做，必须寻访各味中药的生长地，找出药灵，说服它们自愿献出药气，才能有效。于是，麦冬和芍药背起行囊，翻山越岭，凭着自己家传医道，四处搜集药灵。

故事讲述了杨家父女、张三链子等一行人，在军阀阎立本的胁迫下踏入神农架密林。在森林中先后遭遇各种生物攻击，危难之际众人被野人营救。阎立本因贪念最终被巨蜥杀死，野人为了保护神农架奋勇搏斗，最终几人合力将巨蜥击杀，深林和村落再次回归平静。

又一场狂风骤雨随着日出东方悄然逝去，粉碎了反秦联盟的刺杀行动，大秦帝国的统治表面上再次复归于平静，就仿佛昨夜什么也不曾发生。秦始皇运筹帷幄，对天下反秦势力进行了一次成功的大清洗，迫使反秦势力悄悄隐匿入广阔的江湖之中，修养生息，由此引发的焚书坑儒事件，也使秦始皇得以成功铲除异已，蜃楼也终于扬帆起航，开往海外去寻找长生不老药。然而，大秦帝国千秋万代的道路上仍然存在着诸多不可忽视的阻碍，一直对中原虎视眈眈的北方狼族，在长期的蛰伏之后，再次爆发起对中原的新一轮冲击，日益频繁的戍边战事，令帝国的铁骑疲于应付。