在太平洋范围内，一批探测员乘坐轮船打算去海洋深处探测，正在他们进行任务对接时，船上人员监测到深海附近有不明障碍物靠近，他们紧急联系入海人员，但最终发生了惨剧，海底监测人员被鲨鱼所食。六个月后，在墨西哥靠近太平洋的海岸港口附近，鲨鱼又出现了，人们并不知情。一个爱好潜水的年轻人在海水中发现了一枚鲨鱼的牙齿。这枚牙齿引起了年轻人的兴趣，他开始寻找相关的资料。而鲨鱼真的会再次出现在墨西哥的港口吗？人们的生命将会受到威胁吗？

在这部故事中，小齐、尤尤和大阔驾驶着探险船，继续向更广袤的海洋进发，而阿乖和智慧球却有了新任务。在冒险的过程中，小伙伴儿们增长了见识，结交了很多新朋友，同时坚定了探索自然奥秘的决心与勇气。

孩子们在探险的过程中增长了知识，锻炼了胆识，开阔了眼界。但是他们知道得越多，也就越感到自己知识的不足。面对着无边无际的大海，他们决心要把探险之旅进行下去，去探索世界的奥秘。

在本部故事中，小齐和尤尤等小伙伴们离开了珊瑚城，乘坐探险船去远行，继续他们的科学发现之旅。在旅途中，小伙伴们不仅懂得了许多科学道理，而且遇到麻烦时，总是互相帮助，团结友爱。

本片中小主人公们又长大了一岁，他们探索自然、感知科学的愿望更强烈。他们了解到恐龙化石的形成、会发光的细菌、潮汐的缘由......不仅感知到了大自然的神奇美丽，而且意识到了保护自然环境、保护地球家园的重要性，并积极地行动起来，为保护生态环境而努力。