位于关西的某个平凡小镇，居住着一对相依为命、宛如密友般的母女。母亲森井阳子是某个诊所的护士，丈夫在女儿降生前意外身亡，她独自拉扯女儿长大；女儿月子乖巧伶俐，原本是一家公司的职员，却因遭到同僚男性的粗暴对待而患上外出恐惧症，从此宅在家中长达1年时间。某个大雨瓢泼的夜晚，酒醉的阳子带着一个衣着轻浮庸俗、染着黄毛的男子回家。更令月子难以接受的是，阳子竟然宣称要和这个名叫服部研二的30男子结婚！森井家似乎就此陷入混乱，而在这一过程中，月子也发现了母亲隐藏许久的秘密……

在青梅竹马毛利兰的鼓动下，工藤新一半推半就地乘上了飞往京都的飞机，去观摩那里正在拍摄古装剧的毛利小五郎的表演。飞行途中，名叫一名摄影师毙命于洗手间，引起乘务组的恐慌。于是工藤新一就在1万英尺的高空展开了推理。好不容易来到京都拍摄场地，关于男主角樱庭的谋杀预告传来，不久更有一名女演员遇害。新一和对手服部平次展开了精彩的推理对决。

负债累累的平凡地接小哥王实在，万万没想到自己有一天会成为对抗绝顶忍术——八岐大蛇的关键人物。而这一切都开始于一场意外的邂逅，逃命的女主角上了王实在的车，并胁迫他这个江湖百晓生帮忙，还逼迫他吞下虫子暗器

故事发生在《甲贺忍法帖》10年后的宽永三年。为天下之权斗争的历史背后、忍者集团甲贺与伊贺为了自己所效力的主人展开了一连串忍法杀戮战争，并在最终迎来了双方全灭的结局──这场斗争结束十年之后，宽永三年，甲贺五宝连所管束、拥有茅眼术操纵能力的少年「甲贺五郎」，与伊贺五花撰中能使用盾眼术的少女「伊贺响」终于相遇，他们以操纵超人之力、号称成寻众的神秘集团为目标，被卷入了一场意想不到的战争之中。