蜀山群山之中的昆仑山，掌门孤月大师（张柏芝 饰）与徒弟玄天宗（郑伊健 饰）相恋，事先预感邪恶的幽泉血魔会进攻昆仑，自知无力抵抗的她，为保天宗性命而借故赶他下山，并将昆仑秘藏武器“日月金轮”交付给天宗，而自己则被血魔所杀，昆仑山灵气尽被吸去。二百年后，邪恶力量再次侵犯正派，峨嵋开山祖师峨嵋真人（洪金宝 饰），惟恐此战伤及凡间，于是派大弟子丹辰子（古天乐 饰）前往山下疏离凡间正在交战的军队，在途中与程乐天（章子怡 饰）、玄天宗相遇，却意外发现血魔的秘密，并因而落入陷阱…

盘古开天辟地之时在昆仑山丢下一颗种子，这颗种子吸收天地之精华结出一颗神果。传说得到神果就拥有盘古之力，顿时三界之内的神魔都来争夺，可惜神果让一头法力无边的神兽看管着…之后一名痴情女子云若嫣为救自己的丈夫闯入昆仑山要夺得神果，云若嫣的痴情感动了天地，她拿到了神果 可惜还是没能救活自己的丈夫。云若嫣经过昆仑圣母的指点，追寻自己丈夫两生两世，最终把神果献给了自己的爱人，可惜两世后的丈夫心术不正，吃了神果成了妖神，成了三界公敌。之后，三界之内大乱，当初的神兽幻化成神翁告诉云若嫣，她乃是女娲之后，云若嫣这才明白了一

1979年，昆仑山发生神秘生物骸骨，由胡八一（赵又廷 饰）率领的探险队深入昆仑山腹地，寻找有关古生物遗迹的更多秘密，却不料在这个过程中遭到不同神秘生物的轮番攻击，并意外坠入九层妖塔，除胡八一外，一行人

故事根据民间传说“钟馗伏妖”故事改编。每逢千年便有日食天象，届时更是昆仑山灵力最弱，阴气最盛之时。此时，昆仑山魔井开启，魔能涌出，万妖出动。妖魔或附身于常人，夜间吸食人类阳气，被侵蚀的人们诡异而凶残；或化为人形捕食人类。恐怖灵异事件不断，你我之间难分人妖，人间如地狱般阴郁恐怖。终南山进士钟馗不惧邪祟，与师傅一起斩妖除魔，却发现在妖身后，还有更惊人、更令人恐惧、更令他难以抉择的真相在等待着他……