影片中，这两位宛如神衹一般强大的对手于一场壮观的战争中相遇，彼时世界命运正悬于一线。为了找到真正的家园，金刚与他的保护者们踏上了一次艰难的旅程。与他们一道前行的还有一个年轻的孤儿女孩——吉雅，这个女孩与金刚之间存在着一种独特而强大的紧密联系。但意想不到的是，他们在前行的航道上与愤怒的哥斯拉狭路相逢，也由此在全球引起了一系列破坏。一股无形的力量造成了这两只巨兽之间的巨大冲突，深藏在地心深处的奥秘也由此揭开。

帝王组织在险峻未知的地心世界执行一项危险任务时找到了巨兽起源的线索。与此同时，人类计划将所有巨兽从地球上抹去的阴谋渐渐浮出水面，而传说中哥斯拉和金刚两个王者的世纪对决也将一触即发。