当五位拥有特殊能力的青少年被关入秘密机构，有一股超自然恶势力正蠢蠢欲动，他们必须面对过去的罪恶，但内心的恐惧即将成真。神秘的背后似乎有巨大的阴谋正在成形，他们是否能勇敢对抗自身的力量，逃脱这一切枷锁…

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的降临，同样属于变种生物的忍者神龟们知道，这下大麻烦来了……

变种人天启诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃眼就是数千年过去。一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女、灵蝶，天使，还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授带领着魔形女、野兽和凤凰等人，发誓要粉碎天启的阴谋。

吴晴晴（幽灵）是国际安全联盟组织（打击变种人犯罪）的特工，奉命潜入美杜莎整形医院搜集其直属财团秘密研究基因诱导液制造变种人战士的犯罪证据。吴晴晴成功潜入，却意外被强行注射基因诱导液，在同事王胖子的协助下，逃出美杜莎地下实验室，却一路惨遭追杀。受到基因诱导液的影响，她的记忆出现暂时的混乱与缺失，幸得周扬相救，并成功度过了基因异变激化期。不同于美杜莎过往的失败案例，吴晴晴的基因与药物融合率奇迹般突破40%，引起美杜莎组织的注意而遭到全面追杀。吴晴晴陷入危机，命悬一线。危急时刻，吴晴晴基因融合率突破50%，拥有

x战警是由世界上最强大的心灵感应术教授查尔斯·泽维尔建立的超级人类变种人团队。为了保护人类和变种人，x战警在一场悲剧之后解散了。他们的一名成员Jean Grey在与邪恶的秘密组织the Inner Circle的战斗中被杀。但是，当日本北部的一个年轻的变种人失踪时，X教授召集他分散的团队重新团结起来，再次与世界的邪恶作斗争。在日本的旅行中，x战警遇到了狂热的变种人U-Men，他们发现了什么对泽维尔来说足够重要，可以让他们重归于好。这个问题的答案是，有可能弥合突变体和人类之间的鸿沟，或者永远把这两个物种分开

四个情同手足的乌龟少年一直生活在隐秘的下水道中，在师父的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的帮助下，开始追踪一个神秘的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队

为军方研究生化武器的安布雷拉公司在浣熊市地下设有巨大的研究中心蜂巢，由于一次意外事故导致可通过空气传播的生化武器泄露，负责蜂巢安保的电脑系统“红色女王”启动应急措施，却导致数百名工作人员罹难。四小时后

影片将故事背景设定在20年后的未来世界，故事从一家野味饭店开始讲起，一群贪婪的食客们本来打算享受一顿野味大餐，暴怒的变异巨蜥却冲破铁笼成为了真正的猎食者，故事创作团队以夸张的手法，以巨大的变异生物喻指

繁华大都会纽约，邪恶领袖施莱德率领的大脚帮在城市内为非作歹，甚嚣尘上。安保公司老板萨克斯推出最新安保系统，发誓维护城市的和平。女记者爱普尔·奥尼尔偶然拍到大脚帮被四名神秘侠客挫败的画面，她惊讶地发现四名侠客竟然是变异后的巴西龟：拉斐尔、列奥纳多、米可朗基罗、多纳泰罗。忍者神龟的名字勾起了爱普尔儿时的记忆，当年她的父亲与萨克斯正是研究生物变异实验的伙伴。她将这个消息告诉给萨克斯，可是在和忍者神龟及其老师斯普林特会面后，才发觉萨克斯与施莱德是这座城市内的罪恶之源……

一千年前的世界彻底坍塌了。战争，饥荒，和贪婪杀死人类。没有太多的仍然是除了突变体，败类，和机器人的人。人类是一个久违的概念。每个人都必须杀死的生存。即使圣诞老人。