基因石能量渐渐恢复成基因石，且显露出更强大的力量、更多不为人知的秘密。反派势必不会轻易罢休，将以更强大的姿态卷土重来。但在艰难的挑战中，普力士等人仍看到了希望：宇宙中，分散著为数不明的「变形联盟战士」，这群代表正义的首领勇士若聚集起来，将会成为一股巨流，一起勇敢地为守护地球而战！

基因石被毁，不料基因石能量逸出，飘散到地球各处，引发了异常现象：森林树木变得更茂密，湖泊海洋闪发着光，电力强化导致设备爆炸。由于基因源事故，武装战士变成变形机甲、生物进化为虫族、浩肯星人异化为变异战士

虫族卷土重来，对平溪市展开新一轮的资源掠夺和侵袭行动。面对危机，变形联盟再次挺身而出，与虫族展开战斗。另一边，来自浩肯星的新威胁也来到了地球，使局势更为混乱。面对愈加强大的虫族和强大的母星敌人，腹背受敌的变形联盟该如何面对这次的危机?