改编自1997年的同名电影，这部动画主要讲述了关于一个由致力于为地球上的外星人提供星际移民服务的男人所组成的秘密政府组织的故事。

第一季结尾中，侯烨、塔塔、裘莎莎和朱志摩四人，意外收到了组织的录取通知书，各自都成为了新人特工训练局的一员。这一季的故事会为孩子们营造一个既神秘又神奇的“外星事务管理局”（简称BEA），这样一个历史悠久的，为了保护地球而设立的庞大机构。而侯烨等孩子们就是被这个神秘机构所选中，成为了实习小特工，见识到了各种令人尖叫的存在。孩子们随着主角侯烨的经历，体会成长的烦恼与欢乐，明白要有怎样的担当才能称为真正的成长，以及这份接踵而至的责任感。

一个亿万富翁的私人太空探索计划的科幻故事，带着一个被绑架的外星人从一个新发现的外星星球返回地球。

外星人从遥远的星系来到地球，利用科技装备，镜像为所见到的一个地球男人的模样，却因为不习惯地球的生态环镜，在起步行走时狠狠地摔倒在地，胳膊上的装备也重重地砸在石头上，装备的损坏令他无法再与地球上空的同伴联络，只能在得不到任何补给的地球上游荡。地球女孩阿娇在路上遇到了这个来到地球的外星人，心地善良的阿娇收留了他……

顾家富贵显赫，可有史以来一直无法摆脱单脉相传的魔咒，其唯一的继承人顾睿整天只知吃喝玩乐，不务正业，令顾家老爷子非常焦心。顾睿遭黑社会绑架追杀，无意中闯入飞船，放出被禁锢几百万年的外星生物，并得到前人类召离的法力和战宠雪清。外星生物为独霸地球，寄生于人体，想方设法除掉最大的障碍——地球上最后一个拥有法力的人——顾睿。顾睿被迫陷入与外星人的战斗中，各种奇葩对手陆续登场。为应付不断进化的外星人，顾睿在召离的点拨下修炼法力，并成功收伏青龙、白虎、朱雀、玄武四个得力干将。随着事态进展，顾睿发现自己最棘手的敌人不是E

一位刚入职场的服装女设计师白小娴，因经验欠缺，暂时在Nico公司任职设计师助理。在任职设计师助理期间，并没有想到职场之间的险恶，表面亲和的设计师Coco，确是千方百计的在背后搬弄是非，一次偶然的机会，外星小访客Why来到了白小娴身边，开始帮助她分析每一位同事的星座属性......

一场星际浩劫后两个外星生物被意外送到了地球，打乱了丁小八原本正常的生活。在帮助外星生物脱离险境的过程中，从小青梅竹马的丁小八和牛秀娟也坚定彼此的爱情。

人类即将灭亡的2050年的东京。作为极少数剩余的人类生存着的春日5人兄弟，回到外星人开始侵略地球前的过去，实行抹杀外星人的计划。将夺取的巨大机器人、宇宙人探测玻璃瓶、通灵能力、强化战斗服“银”得到手，并前往2015年。然后，他们与机器人工学者红健一郎接触，委托制作巨大机器人“红巴隆”。而且健一郎的弟弟，血气方刚的拳击手红健，作为红巴隆的操纵者，卷入掌握地球存亡关键的壮绝战斗之中……

新版《罗斯威尔》讲述生物医学研究人员的女主Liz Ortecho在不情愿下回到家乡Roswell，她发现以前的迷恋对象已经成了警官，而且他还是个外星人，靠着自身能力一直隐瞒着真正身份。女主决定保守男主的秘密，并协助他调查自身起源，然而在一次暴力袭击及政府的掩饰下，主角们理解到地球上还有更多的外星人，而且恐惧及仇恨将可能摧毁二人重新建立的关系，以及暴露男主是外星人的真相。