小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的神奇宝贝，小光以隔壁城镇的神奇宝贝研究所为目标出发，然而却完全迷了路。正巧这个时候，研究所里新人用神奇宝贝树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，神奇宝贝们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？

2012年7月4日公布制作全新电视动画的消息，同年10月于东京电视台系列放送预定。原作者畑健二郎多次强调并非上一季的延续，而是基于其担当原案的全新故事，交由剧场版的制作公司负责。

高中生·齐木楠雄是超能力者。心灵感应、念动力、透视、预知、瞬间移动、千里眼等，不论任何事情都自由自在。但这任谁都羡慕不已的最强能力，实际上对于本人而言是引来灾难的不幸元凶。因此，他在别人面前封印了超能力，以不起眼、不和他人有所牵扯为信条，默默无闻地过日子。但不知为何，他的身边总是聚集着不可思议的人类（生物），风暴般的灾难接连不断地降临！

距今十多年前，这个世界曾经受到邪恶意念的人侵略，在危急存亡之时，一群正义之士的出现，为世界带来应有和平。十年后的一个夜晚，在城市中的一个住家，有一名正为学校考试烦恼的少年——马场。他为了舒解压力，趁父母不注意时偷跑至声乐场所娱乐，父母对此头痛不已……夜深人静的时刻到来，少年在回家的途中遇到两名穿着奇异服装的女性，向他推销游戏。经不起内心的诱惑，少年买下了它，殊不知之后自己将开启一次从过去到未来，令人难以相信的旅程。

游星等人终于发现，原来幸运杯是葛德温为了集合龙印者，并使他们的力量觉醒所举办的。另一方面在卫星区，一群名为“暗印人”的决斗者已经蠢蠢欲动，这正与游星和杰克两人在进行决斗时所看到的蜘蛛印记有关。暗印人能够展开令决斗者受到真实伤害的“黑暗决斗”，以及使用名为“黑暗同調”的新战法召唤出独特的黑暗同調怪兽，而且可以使用特殊怪兽“地缚神”。游星以建造连接卫星区和都市区的代达洛斯桥为条件，与其他龙印者一同前往卫星区，阻止暗印人的计划。

一个十几岁的男孩和他的单身母亲住在伦敦南部的一个公寓里。在他楼下住了一个摇滚乐手，神秘的邻居开始教给他吉他艺术。